MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia psittaci M56 plasmid pcpM56

Total Repeats: 121

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018635	AGA	2	6	378	383	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598893
2	NC_018635	T	8	8	425	432	0 %	100 %	0 %	0 %	406598893
3	NC_018635	ATA	3	9	513	521	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598893
4	NC_018635	TGAT	2	8	526	533	25 %	50 %	25 %	0 %	406598893
5	NC_018635	TGT	2	6	541	546	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598893
6	NC_018635	CT	3	6	573	578	0 %	50 %	0 %	50 %	406598893
7	NC_018635	T	6	6	658	663	0 %	100 %	0 %	0 %	406598893
8	NC_018635	A	6	6	801	806	100 %	0 %	0 %	0 %	406598893
9	NC_018635	AAC	2	6	808	813	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598893
10	NC_018635	CT	3	6	816	821	0 %	50 %	0 %	50 %	406598893
11	NC_018635	TAA	2	6	905	910	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598893
12	NC_018635	AT	3	6	947	952	50 %	50 %	0 %	0 %	406598893
13	NC_018635	GCT	2	6	958	963	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598893
14	NC_018635	AT	3	6	1088	1093	50 %	50 %	0 %	0 %	406598893
15	NC_018635	CTA	2	6	1100	1105	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598893
16	NC_018635	TTCT	2	8	1129	1136	0 %	75 %	0 %	25 %	406598893
17	NC_018635	GCT	2	6	1171	1176	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598893
18	NC_018635	AAT	2	6	1192	1197	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598893
19	NC_018635	TGG	2	6	1207	1212	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598893
20	NC_018635	AGA	2	6	1532	1537	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598894
21	NC_018635	AGG	2	6	1628	1633	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406598894
22	NC_018635	TGT	2	6	1877	1882	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598894
23	NC_018635	T	6	6	1899	1904	0 %	100 %	0 %	0 %	406598894
24	NC_018635	TC	3	6	1930	1935	0 %	50 %	0 %	50 %	406598894
25	NC_018635	TGT	2	6	1950	1955	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598894
26	NC_018635	AGTA	2	8	1979	1986	50 %	25 %	25 %	0 %	406598894
27	NC_018635	TAT	2	6	2008	2013	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598894
28	NC_018635	TTC	2	6	2015	2020	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598894
29	NC_018635	ACT	2	6	2043	2048	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598894
30	NC_018635	A	7	7	2156	2162	100 %	0 %	0 %	0 %	406598894
31	NC_018635	CTT	2	6	2170	2175	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598894
32	NC_018635	TCA	2	6	2213	2218	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598895
33	NC_018635	GCT	2	6	2267	2272	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598895
34	NC_018635	TGA	2	6	2299	2304	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598895
35	NC_018635	TAA	2	6	2311	2316	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598895
36	NC_018635	CTG	2	6	2321	2326	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598895
37	NC_018635	TTTC	2	8	2414	2421	0 %	75 %	0 %	25 %	406598895
38	NC_018635	A	6	6	2433	2438	100 %	0 %	0 %	0 %	406598895
39	NC_018635	TTG	2	6	2469	2474	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598895
40	NC_018635	CTT	2	6	2562	2567	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598895
41	NC_018635	AGG	2	6	2587	2592	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406598895
42	NC_018635	AC	3	6	2605	2610	50 %	0 %	0 %	50 %	406598895
43	NC_018635	TATG	2	8	2745	2752	25 %	50 %	25 %	0 %	406598895
44	NC_018635	ATC	2	6	2800	2805	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598895
45	NC_018635	T	7	7	2869	2875	0 %	100 %	0 %	0 %	406598895
46	NC_018635	TAC	2	6	2895	2900	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598895
47	NC_018635	GTT	2	6	2918	2923	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598895
48	NC_018635	ACC	2	6	2932	2937	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598895
49	NC_018635	T	7	7	3052	3058	0 %	100 %	0 %	0 %	406598896
50	NC_018635	ATT	2	6	3067	3072	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598896
51	NC_018635	TAAG	2	8	3135	3142	50 %	25 %	25 %	0 %	406598896
52	NC_018635	A	6	6	3191	3196	100 %	0 %	0 %	0 %	406598896
53	NC_018635	T	6	6	3201	3206	0 %	100 %	0 %	0 %	406598896
54	NC_018635	TCAT	2	8	3299	3306	25 %	50 %	0 %	25 %	406598896
55	NC_018635	TTA	2	6	3398	3403	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598897
56	NC_018635	TTTG	2	8	3408	3415	0 %	75 %	25 %	0 %	406598897
57	NC_018635	AT	3	6	3436	3441	50 %	50 %	0 %	0 %	406598897
58	NC_018635	ACCAC	2	10	3498	3507	40 %	0 %	0 %	60 %	406598897
59	NC_018635	ACC	2	6	3515	3520	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598897
60	NC_018635	AG	3	6	3528	3533	50 %	0 %	50 %	0 %	406598897
61	NC_018635	GTT	2	6	3557	3562	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598897
62	NC_018635	AACA	2	8	3580	3587	75 %	0 %	0 %	25 %	406598897
63	NC_018635	TGA	2	6	3599	3604	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598897
64	NC_018635	ATG	2	6	3687	3692	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598897
65	NC_018635	CAG	2	6	3694	3699	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598897
66	NC_018635	TAAA	2	8	3790	3797	75 %	25 %	0 %	0 %	406598897
67	NC_018635	T	6	6	3811	3816	0 %	100 %	0 %	0 %	406598897
68	NC_018635	ATT	2	6	3870	3875	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598897
69	NC_018635	CTT	2	6	3886	3891	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598897
70	NC_018635	TGG	2	6	3997	4002	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598897
71	NC_018635	GCT	2	6	4062	4067	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598897
72	NC_018635	GTT	2	6	4096	4101	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598897
73	NC_018635	AAT	2	6	4246	4251	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598898
74	NC_018635	TGTT	2	8	4259	4266	0 %	75 %	25 %	0 %	406598898
75	NC_018635	TTG	2	6	4286	4291	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598898
76	NC_018635	TAAA	2	8	4317	4324	75 %	25 %	0 %	0 %	406598898
77	NC_018635	CTT	2	6	4328	4333	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598898
78	NC_018635	T	6	6	4332	4337	0 %	100 %	0 %	0 %	406598898
79	NC_018635	GTTT	2	8	4367	4374	0 %	75 %	25 %	0 %	406598898
80	NC_018635	T	7	7	4427	4433	0 %	100 %	0 %	0 %	406598898
81	NC_018635	CTATTT	2	12	4493	4504	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	406598898
82	NC_018635	T	8	8	4538	4545	0 %	100 %	0 %	0 %	406598898
83	NC_018635	CTA	2	6	4670	4675	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598898
84	NC_018635	ATG	2	6	4693	4698	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598898
85	NC_018635	T	6	6	4710	4715	0 %	100 %	0 %	0 %	406598898
86	NC_018635	TTC	2	6	4737	4742	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598898
87	NC_018635	GA	3	6	4805	4810	50 %	0 %	50 %	0 %	406598898
88	NC_018635	CTT	2	6	4832	4837	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598898
89	NC_018635	CTT	2	6	4922	4927	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598898
90	NC_018635	GCC	2	6	4929	4934	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	406598898
91	NC_018635	ATTC	2	8	4937	4944	25 %	50 %	0 %	25 %	406598898
92	NC_018635	T	7	7	4965	4971	0 %	100 %	0 %	0 %	406598898
93	NC_018635	ATAA	2	8	5057	5064	75 %	25 %	0 %	0 %	406598898
94	NC_018635	TTG	2	6	5090	5095	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598898
95	NC_018635	GCT	2	6	5116	5121	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598898
96	NC_018635	TCT	2	6	5209	5214	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598898
97	NC_018635	CTT	2	6	5296	5301	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598899
98	NC_018635	GTT	2	6	5343	5348	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598899
99	NC_018635	CTA	2	6	5377	5382	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598899
100	NC_018635	AAT	2	6	5416	5421	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598899
101	NC_018635	ACA	2	6	5491	5496	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598899
102	NC_018635	TCT	2	6	5517	5522	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598899
103	NC_018635	T	6	6	5630	5635	0 %	100 %	0 %	0 %	406598899
104	NC_018635	AAG	2	6	5754	5759	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598899
105	NC_018635	AAG	2	6	5842	5847	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598899
106	NC_018635	TC	3	6	5870	5875	0 %	50 %	0 %	50 %	406598899
107	NC_018635	ATTTG	2	10	5880	5889	20 %	60 %	20 %	0 %	406598899
108	NC_018635	GCA	2	6	5991	5996	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598899
109	NC_018635	AAC	2	6	5999	6004	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598899
110	NC_018635	ATA	2	6	6019	6024	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598899
111	NC_018635	GAA	2	6	6045	6050	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598899
112	NC_018635	AATC	2	8	6076	6083	50 %	25 %	0 %	25 %	406598899
113	NC_018635	ATG	2	6	6359	6364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598899
114	NC_018635	TCT	2	6	6440	6445	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598899
115	NC_018635	AT	3	6	6517	6522	50 %	50 %	0 %	0 %	406598899
116	NC_018635	GTG	2	6	6545	6550	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598899
117	NC_018635	AAC	3	9	6566	6574	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598899
118	NC_018635	AAT	2	6	6589	6594	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598899
119	NC_018635	A	6	6	6614	6619	100 %	0 %	0 %	0 %	406598899
120	NC_018635	TCT	2	6	6642	6647	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598899
121	NC_018635	TCA	2	6	6658	6663	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598899

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.